El municipio de Málaga se extiende por tres comarcas naturales de diferente paisaje. La aglomeración urbana ocupa la mayor parte de la Hoya de Málaga, llanura aluvial costera formada por los estuarios de los ríos Guadalmedina y Guadalhorce. La mitad norte y la zona oriental del municipio corresponden al territorio montañoso de los Montes de Málaga, que llegan a alcanzar los 1.032 msnm en la Cresta de la Reina. Hacia el este se extiende la vega del Guadalhorce.
Perfil montañoso del litoral oriental de la Bahía de Málaga visto desde la desembocadura del Guadalhorce. El pico nevado, al fondo, es el de La Maroma, en la Sierra de Tejeda.
La ciudad está situada a una altitud de 11 m. y se abre a una amplia bahía rodeada por las estribaciones meridionales de los Montes de Málaga, que desde el municipio del Rincón de la Victoria, recorren la ciudad paralelas a la costa en dirección este-oeste y que comprenden los montes y cerros de Calderón, San Cristóbal, Victoria, Gibralfaro, Los Ángeles, Coronado, Cabello, La Tortuga y Atalaya, continuando después hacia el interior a lo largo del valle del río Campanillas. Por el lado occidental cierran la bahía las sierras de Cártama y Mijas.
El litoral malagueño ha sido muy modificado por la acción humana a lo largo de la historia, encontrándose algunas partes de la ciudad en terrenos ganados al mar. En general, las playas situadas al oeste del puerto y la desembocadura del Guadalmedina son bajas y arenosas, mientras que hacia el lado oriental la costa presenta un relieve más abrupto, con formaciones montañosas muy cercanas al litoral.