Desde de la nueva Estación de María Zambrano de ADIF, se une la capital con algunas poblaciones de la provincia, especialmente de la Costa del Sol y el valle del Guadalhorce, a través de la red de Cercanías Málaga, y con el resto de España con trenes diarios a Madrid, Barcelona y Córdoba, entre otros destinos.
La línea de alta velocidad (AVE) Málaga-Córdoba se inauguró el 23 de diciembre de 2007, reduciendo a dos horas y media el viaje a Madrid. A través de esta línea se concecta la ciudad con Antequera-Santa Ana, Puente Genil, Puertollano y Ciudad Real. Del mismo modo se establece un línea AVE entre Málaga y Sevilla utilizando las vías Málaga-Córdoba-Sevilla, ahorrando 35 minutos de trayecto. Además, con la construcción del bypass de Madrid se ha inaugurado un servicio de AVE directo a Zaragoza y Barcelona y otras poblaciones de Aragón y Cataluña.
A parte de los servicios de alta velocidad, aún funcionan otros servicios de largo recorrido. Uno a Barcelona a través de Albacete y Valencia (Arco García Lorca), otro nocturno a Barcelona a través de la línea de AVE pero en tren-litera (Trenhotel Gibralfaro) y otro a Bilbao a través de Valladolid y Ávila (Estrella Picasso). En cuanto a los recorridos de Media Distancia, los únicos dos trayectos con servicio de pasajeros tienen destino a Sevilla y Ronda, circulando ambos a través de El Chorro
